ΣΤΑ ΜΕΣΑ ΤΗΣ ΚΑΤΟΧΗΣ ΟΙ ΠΡΟΔΟΤΕΣ ΔΕΙΧΝΟΥΝ ΤΟ ΠΡΑΓΜΑΤΙΚΟ ΤΟΥΣ ΠΡΟΣΩΠΟ ΠΟΥ ΑΣΦΑΛΩΣ ΚΑΙ ΔΕΝ ΕΙΝΑΙ Η Η ΑΝΤΙΣΤΑΣΗ ΚΑΤΑ ΤΩΝ ΓΕΡΜΑΝΩΝ ΝΑΖΙ ΑΛΛΑ Η ...
ΣΤΑ ΜΕΣΑ ΤΗΣ ΚΑΤΟΧΗΣ ΟΙ ΠΡΟΔΟΤΕΣ ΔΕΙΧΝΟΥΝ ΤΟ ΠΡΑΓΜΑΤΙΚΟ ΤΟΥΣ ΠΡΟΣΩΠΟ ΠΟΥ ΑΣΦΑΛΩΣ ΚΑΙ ΔΕΝ ΕΙΝΑΙ Η Η ΑΝΤΙΣΤΑΣΗ ΚΑΤΑ ΤΩΝ ΓΕΡΜΑΝΩΝ ΝΑΖΙ ΑΛΛΑ Η ΑΝΑΛΗΨΗ ΤΗΣ ΕΞΟΥΣΙΑΣ ΚΑΙ Η ΕΚ ΝΕΟΥ ΣΚΛΑΒΙΑ ΤΗΣ ΕΛΛΑΔΟΣ ΜΕΤΑ ΤΗΝ ΗΤΤΑ ΤΟΥ ΑΞΟΝΑ...
7 Μαίου 1943... Διαλύεται από τον ΕΛΑΣ η ένοπλη ομάδα του ΕΔΕΣ με επικεφαλής τον Γεώργιο Παπαϊωάννου στο Κεφαλόβρυσο Τριχωνίδος και ο ίδιος συνελήφθη.
Στη γερμανική κατοχή το 1942, σχημάτισε την αντιστασιακή Εθνική Οργάνωση με την επωνυμία Πατριωτική Οργάνωση Τριχωνίδος. Συγκρότησε στη συνέχεια ένοπλο αντάρτικο σώμα, το οποίο αρχικά χρηματοδότησε με την προσωπική του περιουσία και το οποίο ενέταξε στις δυνάμεις του ΕΔΕΣ. Διορίσθηκε από τονΝαπολέοντα Ζέρβα ως αρχηγός του Αρχηγείου Τριχωνίδας απο την 22η Μαρτίου 1943 μέχρι τη 10η Οκτωβρίου 1943. το Αρχηγείο Τριχωνίδος είχε μικρή σχετικά δύναμη, περίπου 250 ανταρτών, ανέπτυξε όμως ισχυρή δράση στην περιοχή της Αιτωλοακαρνανίας συγκρουόμενο με τα γερμανικά κατοχικά στρατεύματα. Την 5η Ιουλίου 1943 ανέλαβε από κοινού με τη δύναμη του Στυλιανού Χούτα την επίθεση κατά της Ιταλικής δύναμης στην γέφυρα Αχελώου.
Ανασυγκρότησε το αντάρτικο τμήμα του, το οποίο αυτοδιαλύθηκε οριστικώς την 10η Οκτωβρίου 1943 μετά την γενική επίθεση του ΕΛΑΣ εναντίον των Εθνικών Ομάδων, και αφού προηγουμένως η ομάδα Παπαϊωάννου είχε υποχωρήσει, μαχόμενη, στο Ξηρόμερο Αιτωλοακαρνανίας.
Αμέσως μετά ο Γ.Ν. Παπαϊωάννου αναχώρησε για την Αθήνα, όπου, μεταξύ άλλων, το 1944 ανέλαβε πρόεδρος της Επιτροπής Πόλεως Αθηνών του ΕΔΕΣ, αναλαμβάνοντας επίσης την ευθύνη εξοπλισμού και διακίνησης του παράνομου τύπου και συμβάλλοντας στη διαδήλωση που έλαβε χώρα στις 15 Ιανουαρίου 1945 ενάντια στις επιδιώξεις για την μετακατοχική Ελλάδα του ΕΑΜ.
Μετά το τέλος γερμανικής κατοχής εξελέγη βουλευτής Αιτωλοακαρνανίας (1946) με το κόμμα των Εθνικών Φιλελευθέρων του Στυλιανού Γονατά. Ψήφισε τα μέτρα ειρηνέυσεως και πρωτοστάτησε στην αναγνώριση της Εθνικής Αντίστασης.