Στις 10 τό πρωί της Κυριακης του Πάσχα, 1Oης Άπριλίου, εφθασε στα Πατριαρχεια ο νέος μέγας διερμηνέας Σταυράκης Άριστάρχης και κατευθύνθηκε...
Στις 10 τό πρωί της Κυριακης του Πάσχα, 1Oης Άπριλίου, εφθασε στα Πατριαρχεια ο νέος μέγας διερμηνέας Σταυράκης Άριστάρχης και κατευθύνθηκε στη μεγάλη αιθουσα, το «μεγάλον συνοδικόν». Άνέβηκε τότε εκει και ό πατριάρχης,και συνδιαλεγόταν μαζί του, ενω εκεινος εκρυβε τόν λόγο της αποστολης του και την ταραχή του οσο μπορουσε. Έφθασαv σε λίγο οί αρχιερεις που κατοικουσαν κοντά, αμέσως ακούσθηκε θόρυβος από άλογα στην αυλή και παρουσιασθηκαν στην αίθoυσα, «μορφην φέροντες τεράτων!_αγριωπων», όπως γράφει ο Φιλήμων, «ο γενιτσάραγας, ό μποσταντσίμπασης, ο τσαουσλαρ εμινή, ό κεσεδάρης του ύπουργού τωv εξωτερικων καί άλλοι πολλοι ..,. μέχρι πεντήκοντα».
Ο Πατριάρχης τότε κατάλαβε τόν λόγο της παρουσίας τους και ζήτησε να του φέρουν «τόν τρίβωνα και τό επανωκαλύμαυχον». τα φόρεσε καί αποσύρθηκε στό κάτω μέρος της αίθουσας. Ό μέγας διερμηνέας σηκώθηκε όρθιος και διάβασε διάταγμα παύσεως του πατριάρχη και εξορίας του. Ο πατριάρχης Γρηγόριος Ε', που δεν ηταν πια ουτε αρχιεπίσκοπος Κωνσταντινουπόλεως ουτε πατριάρχης, στράφηκε, στην εξοδο της αίθoυσας. Τόν περιστοίχισαν τότε οί τούρκοι καί ό κεσεδάρης τόν όδήγησε στην αποβάθρα του Φαναρίου όπου τόν επιβίβασαν σε ακάτιο μαζι με τόν ανεψιό του Δημήτριο και τόν ίεροδιάκονο Άγάπιο, που τόν συνόδευαν. Τό ακάτιο όμως, αντι να κατευθυνθη πρός τό Καδίκιοϊ (Χαλκηδόνα), τόν τόπο της εξορίας, σύμφωνα με τό διάταγμα, στράφηκε πρός τό γιαλί - κιοσκιου, όπότε φάνηκε ότι είχε αποφασισθη ή θανάτωση του πατριάρχη. Μετα την αποβίβαση τόν εκλεισαν στην τρομερη φυλακη του μποσταντσίμπαση.
Εν τω μεταξυ στα Πατριαρχεία, όπου είχαν συγκεντρωθη για την εκλογη νέου πατριάρχη, οί αρχιερεις, οί ήγεμόνες Αλέξανδρoς Καλλιμάχης καί Σκαρλάτος Καλλιμάχης, ό μέγας διερμηνέας, ο μέγας λογοθέτης της 'Εκκλησίας Στέφανος Μαυρογένης, οί πρόκριτοι και οί προϊστάμενοι των Συντεχνιων, διάβασε πάλι ο μέγας διερμηνέας τό διάταγμα για την εκπτωση του πατριάρχη και την εκλογη νέου: «Επειδη ό πατριάρχης Γρηγόριος εφάνη ανάξιος του πατριαρχικου θρόνου, αχάριστος και απιστος πρός την Πύλην και ραδιουργος, γίνεται εκπτωτος της θέσεώς του και τω προσδιορίζεται διαμονή είς το Καδίκιοϊ μέχρι δευτέρας διαταγης... Μη επιθυμούσα ή Ύψηλη Πύλη να στερήση τους πιστούς της υπηκόους απο της πνευματικης κηδεμονίας του κοινου πατρός των, διατάττει να εκλέξωσι πατριάρχην κατα την ανέκαθεν συνήθειά των». Ή εκλογη όμως καθηστερουσε. Οί καταλληλότεροι για τον πατριαρχικό θρόνο αρχιερεις παρακαλούσαν να μην εκλεγουν. Έφθασε τότε νέα, αυστηρη διαταγή της Πύλης, να γίνη αμέσως ή εκλογή. Τελικα δέχθηκε ο Πισιδίας Ευγένιος, Φιλιππουπολίτης. Εφοδιάσθηκε αμέσως με τη συστατικη αναφορα και πηγε στην Πύλη σύμφωνα με τα καθιερωμένα. Όταν γύρισε, εγινε δεκτός με τις συνηθισμένες τυπικες τιμες καί επακολούθησε ή δοξολογία μέσα σε ατμόσφαιρα Kατηφίας, θλίψεως καί αγωνίας.
Μετα την αναχώρηση από την Πύλη του νέου πατριάρχη οι τούρκοι βγάλανε από τη φυλακη τόν πατριάρχη Γρηγόριο, τον επιβίβασαν πάλι σε ακάτιο με συνεπιβάτη τόν κοτσίμπαση (αρχιβασανιστή) και απομάκρυναν τους δικούς του συνοδούς. Το ακάτιο, κυκλωμένο από άλλα, με 4 ως 5 στρατιωτες, κατευθύνθηκε πίσω στην αποβάθρα του Φαναρίου, όπου και αποβίβασαν τόν πατριάρχη με τα χέρια του δεμένα πίσω. Έκει άγριο πληθος Τούρκων ενόπλων και στρατιωτων είχε συγκεντρωθη και περίμενε, γαυριώντας, να παρακολουθήση τη θανάτωση του αρχηγου των Έλλήνων, "ώς πρώτου δηθεν και κυρίου αρχηγου της επαναστάσεως της Πελοποννήσου."
Ό πατριάρχης Γρηγόριος προχώρησε λίγα βήματα, γονάτισε και εσκυψε τό κεφάλι, περιμένοντας τό μαχαίρι του δημίου. Άλλα ό κοτσίμπασης του εδωσε λάκτισμα και του είπε αγρια «καλκ γιου ρου» (σήκω και προχώρα) καί, όπως ο πατριάρχης από τό γηρας και τήν εξάντληση δεν μπορουσε να σηκωθη, τον βοήθησε o ίδιος. Δυό στρατιωτες τόν ύποβάσταζαν για να συνεχίση τήν πορεία στόν ανηφορικό δρόμο πρός τα Πατριαρχεία.
Όταν εφθασαν εκεί χρειάσθηκε να περιμένουν. Ειχε αποφασισθη για τόν πατριάρχη θάνατος με απαγχονισμό και ως θέση ή μεσαία από τις τρείς έξωτερικες θύρες των Πατριαρχείων έτοίμαζαν τότε τήν αγχόνη με δοκους που εμπηγαν στον θριγκό του τοίχου επάνω από τή θύρα αυτή και δεν είχε τελειώσει ακόμη ή εργασία. Κατα τόν χρόνο της αναμονης ο πατριάρχης προσευχόταν. Όταν όλα συμπληρώθηκαν, ό μποσταντσήμπασης του ειπε με βροντώδη φωνή, όπως αναφέρει ό Φιλήμων: «Κακουργε, ουκ ει συ ό διαφθείρας τους δούλους του σουλτάνου, του καταφυγίου του κόσμου; ουκ ει συ ό ωθήσας τους απίστους ύπηκόους εις την αποστασίαν;...» και εδωσε διαταγη στους δημίους. Αυτοι τόν εσυραν στην αγχόνη. Ό θάνατός του επηλθε αμέσως.